Имхо, автор перевода местами слишком ударился в СПГС немного не в том направлении. Поралели с Золушкой есть, но подводить всё под это я бы не стал.
Создание двойников - способность оригинальной Фландер, например.

Но рас уж начали декодить добавлю немного от себя:

"Безумие, Табу, Истина" - категории спелкарт Фландер (покрайней мере Табу точно).
АНОНИМ - отсылка к Негритятам Агаты Кристи, присутвующая ещё в оригинальной спелкарте Флан. Но к чему она там я не понял (возможно потому что переводчик тоже не понял).
Возможно имееться в виду убийство в закрытой комнате с неизвестными обстоятельствами (одно японское произведение ссылавшееся на Агату Кристи проводило поралель с коробкой шредингера, внутри которой могло происходить вообше что угодно, пока она не открыта). В самой додзинси тоже делаються подобные намёки.

Судя по этому и некоторым нарисованым сценам (в частности где сних слетает в клочьях одежда), можно сказать что у них идёт поединок, только вместо спама энергобластами - чтото вроде диалога с неопределённой концовкой.
Во время поединкох в играх часто происходит различная сверхестественная фигня (например перемотка времени суток, смена сторон света и т.д.), но это остаётся просто декорацией для данмаку шутера (который в любом случае полноценно не отражает происходящее), а тут показано "как это могло бы выглядеть".

Касательно смысла:

Думаю это скреее история из разряда Character Profile, раскрывающая чувства и характер Фландер.
Идея о том что монстру принцессой не стать тут довольно ёмко показана (и частично опровергаеться) на примере Ремилии.
"Чтобы влезть в башмачки ей пришлось отрезать себе когти, и поэтому ей больно приходит ко мне". (скорее всего боль в переносном смысле - чувство вины за то что приходиться держать в подвале или больно видеть такой, учитывая что в оригинале упоминаеться что Флан разбрызгивает трупы по стенам).

Думаю было бы плохим художественным приёмом, построить всё призведение, вокруг идеи которую ты выразил ещё в самом начале и прямо говориш о ней по ходу повествования.
А вот если сконцентрироваться на чувствах, которые этому сопуствуют, то подобное обретает смысл. Том насколько несчастна Фландер живя в подвале и как она воспринимает мир.

Финал же - "коробка" открываеться и всё неопределённое становиться явным.
Они пробуют торт (качества которого были неопределёнными) - и он искренее нравиться Марисе, что можно судить по её улыбке. В то время как Фландер совсем не выглялит счастливой (как мне кажеться она уже почти плачет, когда в последний раз просит посмотреть на часы).
Возможно она изначально знала что он не окажеться вусным, но всёравно растроена тем что её надежда себя не оправдала.

Спойлер!