В том же линуксе можно тупо создать пустой файл, отформатировать его в любую файловую систему, подмонтировать, да хранить в нем что-нибудь. Можно запихнуть его в системные файлы, назвать каким-нибудь системным именем - никто и не догадается.
Хотя шифрование все же надежнее, да.